בהתאם לכמות השיער להשתיל, השתלת שיער FUE אורכת בדרך כלל כ -5 עד 6 שעות. משך הזמן של התהליך תלוי בגורמים מסוימים כגון צפיפות אזור התורם, עובי השיער והשטח שיש לכסות. הליך קטן יותר, בו יש צורך בכ -200 השתלים בלבד, יכול להסתיים תוך מספר שעות.